Apellido Erroneo

[JOSSBKR]

Vamos a ver.
Tengo el 2º apellido compuesto por ejemplo "Sanjuan", en el DNI me figura junto y toda mi familia, hermanos, tios por parte de madre y primos lo tienen junto, mi abuelo tambien lo tenía junto.
Mi sorpresa es que cuando voy al RC para el matrimonio me comentan que en mi partida de nacimiento va separado (somos cuatro hermanos, dos la partida de nacimiento va junta y dos separado).
Me dicen que lleve la partida de nacimiento de mi madre y lo cambian, al solicitar la partida de mi madre aparece junto pero asi SanJuan, escrito a mano. Y en la Partida de mi abuelo y la del abuelo de mi madre, aparece separado.
Por lo tanto, me dicen que es separado y que todos los tenemos mal.
No tengo problema en separame el apellido en el DNI para poder casarme, pero que debo hacer con todos los documentos si me cambio el DNI, escrituras, carnet de conducir, prestamos etc, etc.

Que problemas me puede originar??

Perdon por la parrafada y espero me podais ayudar.

Gracias de antemano