Si lo hizo así y lo mandó a un RC distinto del suyo propio, (habiendo nacido allí mismo, en Murcia), se trataría de un error.
Quien tiene que resolver sobre esa solicitud de nacionalidad por simple presunción es el RC del domicilio de los solicitantes, tal como establece el art. 335 del Reglamento del Registro Civil:
Artículo 335.
Respecto de los expedientes para declaraciones con valor de simple presunción, es competente el Encargado del Registro del domicilio del solicitante.
.....
Por tanto, si el niño nació en Murcia y vosotros vivìs en Murcia, el RC de Murcia es el que tiene que decidir y hacer para declarar la nacionalidad con valor de simple presunción de vuestro hijo (nacido en Murcia

)
Si lo mandó a Madrid, como te decía, se trata de un error de competencia. Y el propio RCC devolverá la documentación cuando le toque el turno a esa solicitud.
¿Cuanto tiempo pasará? Pues, vaya usted a saber.... El RCC está tardando ... lo que ya sabemos... en torno un año-año y medio....
¿Qué hacer? Primero, decirle al funcionario del RC de Murcia que seguramente ha cometido un error, según lo que dice el art. 335 RRC
Que para solucionarlo, lo que debe hacer es remitir un escrito al RC Central y que devuelvan el expediente o la documentación remitida por no ser ellos competentes.
Y cuando llegue, que el propio RC de Murcia dicte una resolución, os la notifique a vosotros, al Ministerio Fiscal y, cuando sea firme, que haga lo que haya ordenado SSª.
Y, segundo, decirle al compañero funcionario del RC de Murcia que existe este foro, donde nos reunimos muchos funcionarios y tratamos de solventar las dudas que tenemos, tanto los propios funcionarios, como los que no lo sois...
Saludos y suerte....